Mathias Rüegg wurde 1952 in Zürich geboren. Er machte seinen Abschluss als Primarschullehrer und unterrichtete zunächst an verschiedenen Sonderschulen. Von 1973 bis 1975 studierte er in Graz klassische Komposition & Jazzklavier und übersiedelte 1976 nach Wien, wo er freiberuflich als Pianist arbeitete. Der Soloarbeit müde geworden, gründete er 1977 das Vienna Art Orchestra, für das er bis heute fast alle Programme schrieb: insgesamt an die 600 Kompositionen und Arrangements. Von 1983 bis 1987 leitete er zusätzlich den Vienna Art Choir.
In den Jahren 1984 bis 1986 wurde er vom amerikanischen Fachmagazin Downbeat zum Arrangeur Nummer eins gewählt. Während seiner Arbeit mit dem Vienna Art Orchestra brachte er sich Management und Organisation selbst bei. Als Leiter internationaler Workshops fungierte er u. a. in Wien, Köln, Hannover, Berlin, Bern und Trento.
Im Auftrag der BBC produzierte er für das Mozartjahr 1991 den Musikfilm Mozart’s Balls. Er ist Gründer des Wiener Jazzclubs Porgy & Bess (und ebenfalls dessen Leiter, bevor der den Club 1996 an Christoph Huber übergab) und Initiator des Hans-Koller-Preises (österreichischer Jazzpreis), des European Jazz Prize und des Staatspreises für improvisierte Musik.
Seit 1994 widmet sich Mathias Rüegg zunehmend der Komposition von Kammermusik. So schrieb er für Corin Curschellas, Michel Portal, Wolfgang Puschnig, Matthieu Michel & Wolfgang Muthspiel Solokonzerte mit Kammerorchester sowie Kompositionen für unterschiedliche klassische Besetzungen. Während 2003 war er zusammen mit Bill Frisell musikalischer Leiter des Festivals „Century of Song“ im Rahmen der Ruhr Triennale. 2005/2006 schreibt er die Trilogie „3“ (American Dreams, European Visionaries, Visionaries & Dreams), die vom VAO anlässlich des 30-jährigen Jubiläums des VAO 2007 in 15 Ländern gespielt wird. 2008 löst er die Big-Band auf und wandelt sie in ein Kammermusikensemble mit Jazzsolisten um. Die neue Besetzung mit dem Programm THIRD DREAM hatte ihre Premiere im Mai 2009. Im selben Jahr wurde auch sein Klavierkonzert No. 1. im Wiener Konzerthaus uraufgeführt.
Seit 2012 arbeitet er intensiv mit der Sängerin Lia Pale zusammen, mit der er am 14. Februar 2013 in Wien im Porgy & Bess bei der Premiere von GONE TOO FAR (Universal) mit elf Liedern von Schuberts Winterreise als Pianist/Arrangeur sein Comeback feierte. 2015 folgte das nächste Album „my poets love“ (ebenfalls Universal) mit Vertonungen von Rilke- und Heine-Texten. Im selben Jahr arrangiert er für das Orchester von J. C. Cholet und Alban Darche La Rhapsodie Nègre, eine Suite von Francis Poulenc sowie einige kammermusikalische Stücke in Anlehnung an seine Ästhetik. 2016 ist Rüegg für folgende Preise nominiert: den Schweizer Musikpreis, den kanadischen Prix Opus mit dem Orchestre National de Jazz de Montreal in der Kategorie Concert de l’année/Kategorie Jazz et musiques du monde sowie in Österreich mit Lia Pale für den Amadeus.